Oba rodiče pracovali jako učitelé a politicky se angažovali v národněsocialistické straně. V 50. letech byli odsouzeni k dlouholetému vězení. Z politických důvodů nebyl Jan Zábrana po maturitě přijat na Filozofickou fakultu Univerzity Karlovy. Dva roky studoval na Římskokatolické bohoslovecké fakultě, kterou však musel po čtyřech semestrech opustit.

Debutoval jako básník v samizdatovém sborníku Život je všude (1957), téhož roku začal publikovat i v časopisech. Přestože musel čelit mnoha překážkám od politické perzekuce v padesátých letech, zabavení veškerého majetku a vystěhování z domova, vyloučení ze studia bohosloví, práce pomocného dělníka, jeho zájem a lásku k literatuře komunisté nezlomily.  

Po přestěhování do Prahy navázal přátelství s řadou výtvarnů a spisovatelů.  Překládal anglickou a ruskou poezii, do literárních časopisů přispíval vlastními verši, psal komentáře a medailonky do antologií a výborů. Společně s Josefem Škvoreckým napsal několik detektivních próz. Své básnické sbírky mohl publikovat od roku 1965 -1969. Následovalo 15 let zákazů a prezekucí, které ukončila jeho smrt. 

Jan Zábrana patřil k nejvýraznějším českým spisovatelům a překladatelům druhé poloviny 20. století.  Až na výjimy mohl publikovat pouze překlady. Díky komunistickému režimu zůstala jeho vlastní tvorba do roku 1989 neznámá.

Dnes si jeho verše můžete poslechnot například v Humpolci, kde byl k výročí jeho narození instalován Poesiomat.