Toleranční kostely měly přísně předepsanou podobu a i ten humpolecký byl přísně kontrolován. Střecha byla původně zřejmě kryta došky, které byly při opravě v polovině 19. století nahrazeny štípaným šindelem. Vnitřek kostela byl prostý.

Poté, co byl na druhém konci města postaven nový kostel, sloužil toleranční kostel převážně jako kostel pohřební. Dále v něm působila Církev československá husitská a až do 70. let ho využívala i Českobratrská církev evangelická. V dnešní době je kostelík v pronájmu města Humpolce a je využíván i pro pořádání kulturních a společenských akcí.