Narodil se do selského rodu v Mastníku u Třebíče.  Studoval na klasickém gymnáziu v Třebíči, a po maturitě pokračoval ve studiích na Filozofické fakultě v Praze, kde studoval germanistiku. Během studia přešel na obor knihovnictví a soustředil se na literární tvorbu, překládal, pracoval jako lektor v nakladatelstvích.

Přispíval do mnoha literárních časopisů – Tvar, Listy pro umění a kritiku, Literární noviny, Akord. V roce 1945 se přestěhoval do Brna a pracoval jako redaktor v nakladatelství.
Po zatčení v roce 1951 a vykonstruovaném procesu s římskokatolickými literáty byl Jan Zahradníček odsouzen na třináct let do vězení. Procházel nejtvrdšími věznicemi a zásluhou Jaroslava Seiferta mu byl trest snížen na devět let s příslibem předčasného propuštění. Po účasti na pohřbu svých dvou dětí se musel do věznice vrátit.

Teprve po amnestii v roce 1960 byl Jan Zahradníček propuštěn. Krátce na to, 7. října zemřel v Uhřínově, kde rodina od jeho zatčení měla přikázaný pobyt. V roce 1966 byl Jan Zahradníček rehabilitován.

Pozdrav

Posílal jsem ti pozdrav po měsíci,
jak oknem hleděl na mne skrze mříž.
Mezi nás prostřena noc šelestící,
na druhém konci okno tvé, kde spíš.