V roce 1949 ho zatkla policie, byl obviněn z ukrývání zbraní v prostorách kláštera a posilování pozic Vatikánu prostřednictvím tzv. čihošťského zázraku. Vykonstruovaný proces byl předehrou k akci K. Soudní přelíčení se konalo ve dnech 31. března až 5. dubna 1950, kdy soud rozhodl o vině opata Tajovského. Za zločiny velezrady, vyzvědačství ho odsoudil na 20 let těžkého žaláře, peněžitému trestu ve výši 50 000 Kčs, odebrání majetku a odnětí občanských práv na dobu deseti let. Po svém odsouzení prošel věznicemi Praha - Pankrác, Mírov, Valdice, Jihlava a Leopoldov. V květnu 1960 byl na základě amnestie prezidenta republiky podmínečně propuštěn. Po svém propuštění pracoval jako lesní dělník, topič a podnikový archivář. V roce 1968 mohl opět nakrátko působit v duchovní službě, po krátkém pobytu v Rakousku dostal opět zákaz vykonávat duchovní službu a o tři roky odešel do důchodu. V roce 1993 se s premonstrátskou komunitou vrátil zpět do Premonstrátského kláštera v Želivě a začal pracovat na jeho obnově. V roce 1996 mu byl prezidentem republiky udělen Řád T. G. Masaryka.

Opat B. V. Tajovský je pohřben na klášterním hřbitově v Želivě.